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Não há qualquer referência, ao nível de trabalhos já publicados ou a publicar (caso da Carta Arqueológica do Concelho de Vila Nova de Foz Côa) a vestígios pré-históricos ou de ocupação Romana ou Medieval. Por dificuldade em obter informações, não tem sido possível referenciar (caso os haja) sítios com valor arqueológico.

Esta paróquia teve primitivamente o nome de Vale de Boi, que usou pelo menos até ao século XVI. Uma das referências mais antigas a este lugar encontra-se no foral que D. Dinis deu a Vila Nova de Foz Côa, em 1299, onde Vale de Boi figura como um dos limites do concelho. Dos seus habitantes de Trezentos conhecemos o nome de Lourenço Peres que, em 1380, participou na reunião concelhia destinada a nomear o procurador de Numão às cortes de Torres Novas e onde tomaram partido pela princesa D. Beatriz.

Santo Amaro antes de ser freguesia foi lugar de romagem muito frequentado, cujas esmolas rendiam mais que os dízimos, tendo por isso sido escolhidas para a Universidade, ficando os dízimos para o cabido. Até ao século XVI, só ocasionalmente ali houve missa ao domingo, até que o vigário de Freixo, Jerónimo Lopes, assinou um contrato com o povo, em 1557, autorizando-o a ter capelão próprio com obrigação de o sustentar.

O censo de 1527 atribuía-lhe 4 moradores. Nos princípios do século seguinte, o Chantre de Évora, Manuel Severim Faria, que por ali passou, confirma as informações do recenseamento quinhentista, dizendo que o lugar de Santo Amaro é de poucos vizinhos e que se descia a ele por um caminho entre uns outeiros muito íngremes. Apesar de tudo era um dos caminhos mais usados para chegar à barca do Douro e atravessar o rio para Trás-os-Montes. Já próximo do Douro, viam-se olivais que tinham sido plantados em fins do século XVI.

Relativamente ao século XVIII, sabemos da existência de vários edifícios religiosos, designadamente a capela de S. Brás que na época existiria nas imediações e era administrada por D. Feliciana de Foz Côa. Data também desta época (1755) a construção da Igreja Matriz, onde ainda hoje se podem admirar uma escultura de madeira, barroca, de Santo Amaro, e outra também de madeira policromada de Nossa Senhora do Rosário.

É patrono desta freguesia Santo Amaro, o abade querido e discípulo de S. Bento, aquele que foi de «muito nobre sangue dos Senadores de Roma» e que morreu no «ano da Encarnação do Salvador de 576».

A Igreja, de uma só nave, foi construída no século XVIII, como pode verificar-se num dos cunhais da capela-mor onde está gravada a data de 1775. Os retábulos da capela-mor e os laterais são de madeira com motivos decorativos do século XVIII, podendo verificar-se a escultura de madeira, em estilo barroco, de Santo Amaro, segurando na mão direita o bastão e na esquerda o livro dos Evangelhos.

Citando Manuel Gonçalves da Costa - obra "Diocese de Lamego":
«...Vale de Boi constituiu abadia medieval com rendimento suficiente para proporcionar aos agraciados com esse benefício a vida em Lamego à custa dele. Entre os abades, conhecemos o nome ele Lourenço Anes subscritor dum instrumento pelo qual se obrigou a pagar anualmente ao bispo D. Afonso, ou ao seu tesoureiro, determinada taxa por motivo de visitação. Usufruiu igualmente o benefício abacial de Santa Maria de Vale de Boi o clérigo Luís Fernandes, apresentado por el-rei D. Pedro, aos 26 de Novembro de 1366. A Abadia foi taxada em 60 libras, em 1321. Pelos meados do século XV mantinha-se ainda o antigo orago, como aparece num documento ele 12 de Janeiro de 1463. Nesse dia compareceu na casta da Sé Diogo Homem, fidalgo da casa de El-Rei D. Pedro de Aragão e morador em Aveloso, que apresentou procuração de Afonso Domingues, de Foz Côa, para em seu nome concluir com o Cabido um escambo de propriedades situadas na Foz do Vale de Olgas, dentro da herdade de Santa Maria de Vale de Boi. Mas o conde de Marialva anunciou, em 1517, a Pedro Rodrigues, que tinha feito mercê das rendas da igreja de "Santa Maria de Vale de Boi, chamado Santo Amaro", a Lourenço Domingues. Foi pois por essa altura que se deu a mudança de orago e também a anexação definitiva da igreja ao vigário de Freixo, o qual desde então pôde juntar a esse título também o de Abade.

Um documento de 1557 deita alguma luz sobre o problema. No dia 17 de Julho desse ano reuniram-se à porta de 'Santo Amaro de Val de Boi' 13 homens e viúvas "que é a maior parte do povo" e declararam perante o tabelião Domingos Tavares terem enviado uma petição ao bispo de Lamego para lhes conceder missa naquela Igreja e receberam como resposta que lavrassem escritura pública na qual se obrigassem a ocorrer às despesas do culto e à sustentação do Capelão. Eles, à uma voz, comprometiam-se a si e a seus sucessores a manter a igreja sem prejudicarem o vigário de Freixo, Gregório Lopes, nas ofertas e benesses que antes recebia, renunciavam para sempre a "todo o direito e caução" de apresentar clérigo, no caso de o terem, e transferiram-no para o referido vigário e seus sucessores, obrigavam-se outrossim a pagar a visitação, carta de cura, santos óleos, paramentos, cálice, pia baptismal e "tudo o mais que costumam pagar as anexas que se ausentam de suas matrizes". O Padre Gregório, 'vigário de Freixo e abade de Santo Amaro', aceitou o contrato (...)».

Entre os cidadãos mais notáveis do século XVIII figura o Padre Domingos do Amaral Tavares, que veio a ser pároco da freguesia vizinha das Mós, onde faleceu. Nos inícios do século XIX, frequentava a Universidade de Coimbra António Manuel Lopes de Vasconcelos, que viria em 1821 a atingir o grau de bacharel em cânones. Com a implantação do liberalismo deu-se, de uma maneira geral, o extremar de posições entre a população. O pároco de Santo Amaro, João Hipólito do Amaral, deve-se ter mostrado hostil aos homens do Vintismo, uma vez que, em 1822, o Juiz de Fora de Freixo acusou-o de procedimento ilícito.

O termo de Santo Amaro, em meados do século passado, seguia a divisão do de Freixo desde o Vale dos Alamos até à Portela do Pereiro e dali caminho abaixo até ao Marco da Portela dos Sobrais, rodeira abaixo pelo Cabeço de Sambade em direitura ao Tornilho por cima do chão do um certo José Gaspar e atravessar o ribeiro das Mós polo fundo do chão do Manuel António das Seixas, direito ao marco dos entrecaminhos, caminho adiante, Portela das Campanhas, fonte do Carvalho e estrada abaixo até à quinta das Fontaínhas, Portela do Saião, fundo do Lodeiro e Douro.

A freguesia de Santo Amaro tem ainda um conjunto do edifícios em xisto que urge preservar a todo o custo! Balcões, varandas e átrios cobertos (típicos) são igualmente de preservar, porque marcam a «pura ruralidade» desta rude, simples e boa freguesia do concelho do Foz Côa.

A IGREJA MATRIZ datará do 1755 (?). É de nave única; as portas são rectas e encimadas por frisos e pináculos; altares com talha oitocentista.
Entre as casas abastadas salienta-se a casa da FAMÍLIA TOMÉ, do século VIII. Possui capela particular dedicada a S. Brás.

António N. Sá Coixão e António R. Trabulo, Por Terras do concelho de Foz Côa - Susídios para a sua História - Estudo e Inventário do seu Património, Vila Nova de Foz Côa, Câmara Municipal de Vila Nova de Foz Côa, 2ª edição - 1999